Snyggt snabbt med LaTeX

Varför ska man lägga tid på att lära sig det här? Det snabba svaret är att man med LaTeX kan få vilken rappakalja som helst att se otroligt proffsig ut på riktigt kort tid. En djupare diskussion om varför LaTeX är livet tänkte jag att vi skulle återkomma till senare. Det måste ju finnas nån anledning till att du klickade på det här inlägget. Tvivla och argumentera kan vi göra sen, nu kodar vi lite!

Det kan vara så att du behöver installera en tex-kompilerare men låt oss inte gå vilse i det riktigt än. Vill man kasta sig rakt in i LaTeX rekommenderar jag ett gratiskonto på overleaf.com. Där får man nämligen dessutom se resultatet av sin kod direkt (WYSIWYG). Det finns även riktigt bra dokumentation och massor med mallar som man kan låna och bygga om/vidare på.

Grunden – struktur

Grunden är en tex-fil som man kan skriva i vilken textredigerare eller vilket kodprogram som helst. Man tar det man är bekväm med, själv använder jag för tillfället Atom. Följande rader behövs för att det ska bli ett dokument (en artikel i det här fallet) med en titel, en författare, datum och ett avsnitt:

\documentclass{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\title{Min fina titel}
\author{Förnamn Efternamn}
\date{4 september 2021}
\begin{document}
\maketitle
\section{Inledning}
\end{document}

Första raden måste vara med. Den avgör dokumenttypen, en artikel. Andra raden handlar om teckenkodningen, den låter vi bara vara. På rad tre kommer inte helt överraskande titeln och efter det författarens namn. Femte raden anger datumet. Rad 3 till 5 är fördefinierade “kommandon” och därför ändrar man bara det som står innanför { }. På rad 6 säger vi åt TeX att vi vill att själva dokumentet ska börja. Alla rader som kommer innan dokumentet faktiskt börjar, \begin{document}, kallas förutsättningar (prerequisites på engelska). På första raden efter det vill vi därför färdigställa titeldelen, så att den faktiskt blir av. På rad 8 anger vi att vi vill ha ett nytt avsnitt som heter Inledning. Vad som händer på sista raden kräver nog ingen förklaring.

Så enkelt har man en grundstruktur som man kan fortsätta bygga på. Härifrån är det bara börja med det riktiga jobbet – skrivandet. Man lägger till avsnitt, sections, efterhand som man behöver. Vill man ha ett underavsnitt heter det \subsection och ännu mindre blir följdaktligen \subsubsection. Det är bara mata på 😀

Exempel – kopiera wikipediaartikel

Prerequisites

För att kunna visa hur det skulle kunna se ut i verkligheten tänkte jag kopiera en wikipediaartikel och försöka få den så lik originalet som möjligt när det gäller strukturen. För det är ju strukturen och standardiseringen som är den stora grejen med LaTeX. Åtminstone för mig. Jag har valt följande artikel: https://sv.wikipedia.org/wiki/Bakterieodling.

Vi börjar precis som förut:
\documentclass{article}

Det finns många andra alternativ men jag går inte in på det här. Istället finns det några länkar med rekommenderad läsning i fall en låga skulle tändas. Efter det passar vi på att importera alla paket som vi kommer behöva.

\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[swedish]{babel}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{float}
\usepackage{hyperref}

Första paketet är som tidigare nämnts kopplat till teckenkodningen. Därefter har jag tagit med ett språkpaket för svenska. Detta för att de standardiserade rubrikerna/avsnitten ska visas på svenska. T ex Referenser i stället för References. Tredje paketet är något vi kommer behöva för att infoga bilder. Vi återkommer till det. Även paketet float har med bildvisningen att göra. Sist ligger hyperref och det använder vi för att kunna länka (tänk URL) inom och utanför dokumentet.

När det gäller länkarna så kan man förstås bestämma hur man vill att de ska se ut och bete sig. Jag har gjort det enkelt för mig och valt allt i blått oavsett vilken typ av länk, men då ser du i alla fall länktyperna:

\hypersetup{
colorlinks=true,
linkcolor=blue,
filecolor=blue,
urlcolor=blue,
citecolor=blue,
}

\urlstyle{same}

Nu är det dags för de “vanliga” raderna för författare, datum och titel:

\title{Bakterieodling – En wikiartikel i \LaTeX}
\author{Wikipedia/Mikroblobben}
\date{4 september 2021} % \today

På datumraden har jag i slutet skrivit ett procenttecken. Det är så man gör kommentarer i LaTeX. Med kommentaren vill jag få sagt att det även går bra att skriva \today i stället för att ange ett specifikt datum, förutsatt att det är dagens datum man vill ha 😉

Läkarstudent? Läs om vilka böcker som är bäst till mikrobiologikursen!

Artikelinnehållet

Nu är det dags att dra igång med det verkliga innehållet. Jag har helt enkelt börjat med att copypasta in allt som finns i artikeln. Vi har turen att få börja med att lägga in en bild. Det gör man med hjälp av paketet som vi importerade i början och där man sedan vill ha in en bild använder man \includegraphics{}. Här är första delen av artikelinnehållet inlusive bilden:

\begin{document}
\maketitle

\section{Bakterieodling}
\begin{figure}[H]
\center
\includegraphics{olika_agarplattor}
\caption{Olika agarplattor}
\end{figure}

I samma mapp som tex-filen har jag alltså sparat bilden från wikipedia och döpt den till olika_agarplattor.jpg. Filändelsen behöver dock inte vara med. Det kan t o m vara att föredra att inte ha med denna eftersom LaTeX då själv kontrollerar att filformatet stöds. Efter \begin{figure} står det [H] vars funktion är att lägga bilden just här, högst upp ovanför texten som vi snart kommer till. Om jag inte hade skrivit [H] hade bilden i stället hamnat sist i det här avsnittet. \center centrerar förstås bild och bildtext (caption). Som du sett på wiki så är bilden där högerställd vid sidan om texten. Detta har jag ännu så länge inte lyckats åstadkomma men tar vådligt gärna emot tips från den som vet hur man gör.

Sedan följer 3 stycken med enbart text. Från “Bakterieodling eller bakteriekultur” till “biologiska och medicinska fält”. Jag återger inte all text här, den är som sagt med flit direkt kopierad från artikeln.

Underavsnittet Kolonibildande enhet är lite intressantare. Här avslutar man med en referens och det kan ju vara kul att veta hur man kirrar det. Såhär ser koden ut för att lösa det:

\subsection{Kolonibildande enhet}
Mängden bakterier i ett fast prov, exempelvis i ett livsmedel, uttrycks ofta som kolonibildande enheter (Colony-forming units, CFU, cfu, Cfu) per gram (CFU/g), medan antalet bakterier i ett flytande prov, exempelvis i ett urinprov, uttrycks som kolonibildande enheter per ml (CFU/ml).\cite{SLU}

Det är alltså \cite{SLU} som är det intressanta. Jag har valt att skriva in referenserna för hand i min tex-fil. Det är det allra mest grundläggande sättet att lösa det på. Men självklart blir det helt ohållbart i en vetenskaplig artikel eller uppsats. Då finns det möjlighet att använda t ex ett bibliotek som man dragit ut från Zotero om man använder det. Det finns även andra lösningar men jag går inte in på något utav det nu eftersom det kan medföra en del trixande första gången. Efter \cite kommer en måsvingeparentes med ett ankarord eller kod som man själv definierar i sin referenslista. Vi kommer till det men såhär långt har vi i alla fall ett ställe där vi vill ha en första referens som automagiskt kommer få nummer ett. Vi återkommer till detta när det blir dags att skriva referenslistan.

Nu blir det dags för lite länkar i avsnittet Se även. Vi önskar oss en onumrerad punktlista med 3 olika länkar. Punkterna skapar vi m h a itemize såhär:

\subsection{Se även}
\begin{itemize}
\item
\href{https://sv.wikipedia.org/wiki/Cellodling}{Cellodling}
\item
\href{https://sv.wikipedia.org/wiki/Mikroorganism}{Mikroorganism}
\item
\href{https://}{Odling av mikroorganismer} % finns ej som wikisida, röd
\end{itemize}

Och länkarna görs, som jag nämnde ovan, m h a \href. Först kommer URL:en och sedan, också det inom måsvingeparenteser, det man vill att länken ska “heta”.

Nästa avsnitt är Referenser. Till detta skriver vi inte någon rubrik utan den skapas automagiskt. Tack vare språkpaketet så kommer det inte stå References. Vi börjar med att säga att vi vill börja på bibliografin. Efter det har wikiartikeln ett underavsnitt “Notförteckning” och till det använder vi subsubsection istället för subsection för att få till ännu en lägre nivå, så att säga. Till sist definierar vi vår referens som vi använde tidigare med \cite. Inom måsvingeparantesen står det SLU, det har jag hittat på. Man kan skriva vad man vill. Det är väl kanske vanligare att man använder nån kortversion av författarens efternamn samt publikationsår. Det skulle ju kunna tänkas att jag hade mer än en artikel från lantbruksuniversitetet 😉 Men man gör som man vill!

\begin{thebibliography}{}
\subsubsection{Notförteckning}
\bibitem{SLU}
”VetBact, Kolonibildande enhet”. SLU. 13 april 2018. Läst 28 november 2018.

Efter notförteckningen kommer källförteckningen, ännu ett underunderavsnitt. Här kan vi nästan alla tricksen redan. Det som är nytt är att Nationalencyklopedin är kursivt, men det ordnar vi:

\subsubsection{Källförteckning}
\begin{itemize}
\item
\href{https://sv.wikipedia.org/wiki/Nationalencyklopedin}{\textit{Nationalencyklopedin}}, uppslagsord bakteriekultur, nätupplagan, besökt 25 december 2012
\end{itemize}
\end{thebibliography}

I de sista två avsnitten händer det inte så mycket nytt, som vi inte redan kan. Vill man tvinga fram en ny rad använder man dubbla bakåtslash \\. Det ser ut såhär:

\subsection{Externa länkar}
\href{https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Microbiological_culture&oldid=76952828}{En version av artikeln \textit{Microbiological culture} på engelskspråkiga Wikipedia} \\
\href{https://en.wikipedia.org/wiki/Colony-forming_unit}{En version av artikeln \textit{Colony-forming unit} på engelskspråkiga Wikipedia} \\
\href{https://biomedicinskanalytiker.org/2013/12/21/viable-count/}{Biomedicinsk analytiker, Viable Count}

\subsection{Källor}

Sista avsnittet, Källor, är tomt. Det ser lite märkligt ut men det är så wikiartikeln ser ut så vi gör väl så då. Det sista vi gör är att stänga dokumentet efter oss med \end{document}.

Hela koden:

\documentclass{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[swedish]{babel}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{float}
\usepackage{hyperref} % ska ligga sist, kan bli problem annars!

\hypersetup{
    colorlinks=true,
    linkcolor=blue,
    filecolor=blue,
    urlcolor=blue,
    citecolor=blue,
    }

\urlstyle{same}

\title{Bakterieodling – En wikiartikel i \LaTeX}
\author{Wikipedia/Mikroblobben}
\date{4 september 2021} % \today

\begin{document}
\maketitle

\section{Bakterieodling}
\begin{figure}[H] % högerställd bild på wiki
  \center
  \includegraphics{olika_agarplattor}
  \caption{Olika agarplattor}
\end{figure}

Bakterieodling eller bakteriekultur är att föröka bakterier i ett laboratorium. Bakterier odlas såväl inom forskning som för att ställa en medicinsk diagnos på patienter. Ofta odlas bakterier från prov av olika slag, exempelvis från jord eller avskrap från halsen, för att bestämma antingen hur mycket bakterier det finns av ett visst slag eller om den överhuvudtaget finns i provet.

Odligen måste ske vid rätt temperatur. De flesta bakterier som är sjukdomsalstrande växer bäst vid 37 °C, men det finns även bakterier som odlas vid så högt som 80 °C och så lågt som 4 °C. Bakterierna måste även få rätt näringsämnen. Den vanligaste formen av bakterieodling sker i platta plastskålar, så kallade petriskålar, med en agarplatta i. Det förekommer även odling direkt i näringsvätska. I bägge fallen måste man anpassa den gasmiljö som bakterierna får växa i. Därför sker odlingen vanligen i en inkubator, som kan ställas in för att erhålla rätt temperatur och gasmiljö. Inkubatorer för flytande odlingar har ofta en skakningsmekanism, så att bakteriodlingen får god tillgång till luft. Vid odling av anaeroba bakterier måste man helt ta bort syret ur odlingsmiljön.

Odlingar från ett prov är i allmänhet en blandkultur innehållande många olika typer av bakterier. Genom att odla vidare enstaka bakteriekolonier var för sig erhålls renkulturer, vilket är förutsättningen för stor del av kunskapen om bakterier, bakteriologi, men även viktiga redskap för forskningen inom en rad biologiska och medicinska fält.

\subsection{Kolonibildande enhet}
Mängden bakterier i ett fast prov, exempelvis i ett livsmedel, uttrycks ofta som kolonibildande enheter (Colony-forming units, CFU, cfu, Cfu) per gram (CFU/g), medan antalet bakterier i ett flytande prov, exempelvis i ett urinprov, uttrycks som kolonibildande enheter per ml (CFU/ml).\cite{SLU}

\subsection{Se även}
\begin{itemize}
\item
\href{https://sv.wikipedia.org/wiki/Cellodling}{Cellodling}
\item
\href{https://sv.wikipedia.org/wiki/Mikroorganism}{Mikroorganism}
\item
\href{https://}{Odling av mikroorganismer} % finns ej som wikisida, röd
\end{itemize}

\begin{thebibliography}{}
\subsubsection{Notförteckning}
\bibitem{SLU}
”VetBact, Kolonibildande enhet”. SLU. 13 april 2018. Läst 28 november 2018.

\subsubsection{Källförteckning}
\begin{itemize}
\item
\href{https://sv.wikipedia.org/wiki/Nationalencyklopedin}{\textit{Nationalencyklopedin}}, uppslagsord bakteriekultur, nätupplagan, besökt 25 december 2012
\end{itemize}
\end{thebibliography}


\subsection{Externa länkar}
\href{https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Microbiological_culture&oldid=76952828}{En version av artikeln \textit{Microbiological culture} på engelskspråkiga Wikipedia} \\
\href{https://en.wikipedia.org/wiki/Colony-forming_unit}{En version av artikeln \textit{Colony-forming unit} på engelskspråkiga Wikipedia} \\
\href{https://biomedicinskanalytiker.org/2013/12/21/viable-count/}{Biomedicinsk analytiker, Viable Count}

\subsection{Källor}

\end{document}

Ladda ner hela koden som tex-fil.

Se resultatet utan Overleaf

Använder du Mac kan det vara så att du redan har allt du behöver för att kompilera tex-filen. Jag valde att döpa min fil till bakt_artikel_la.tex. I terminalen ställer jag mig i den katalog där jag har lagt min fil och skriver: $ pdflatex bakt_artikel_la.tex

Då skapas en pdf-fil. Men eftersom vi använt referenser behöver vi även köra filen genom bibtex, såhär: $ bibtex bakt_artikel_la

Observera att jag med bibtex inte anger någon filändelse. Efter att ha kört filen genom bibtex behöver jag köra pdflatex igen. Detta kan kännas lite märkligt och onödigt men så behöver man göra. Pdf-filen hamnar i samma katalog som tex-filen. Titta på ditt resultat! Är du nöjd?

Avslutning och “varför”

Jag hoppas nu att du själv ser nyttan med detta. Blev det inte otroligt snyggt och proffsigt? Själv tycker jag att vilken rappakalja som helst ser ut som en genialisk och banbrytande tidskriftsartikel när man skapat med LaTeX. Visst det är en urgammal metod skapad av Leslie Lamport 1985 och inte har det hänt mycket sedan dess med verktyget. Men det kallar jag stabilt! Inget grejande pga att Word uppdaterats medan du sov. Kan man väl sin LaTeX så funkar det som det ska, varje gång. En annan viktig styrka är möjligheten att skriva komplicerade matematiska formler. Det får jag erkänna att jag inte använder så värsta ofta 😉

Men visst skulle det kunna vara ganska praktiskt att ha en fast struktur med bara två händer fulla med rader kod? Slippa fundera på om inte Arial är lite ful ändå. Ska jag verkligen använda 12 punkter? Sitta och pilla med Word och bli frustrerad – då pillar jag hellre med LaTeX.

Vidare läsning

Om du blev biten kan jag rekommendera både den här hemsidan, rent allmänt, och i synnerhet den här artikeln:
https://latex-ninja.com/2021/02/21/the-most-important-tip-for-confident-latex-newbies-dont-reinvent-the-wheel-and-try-a-minimal-working-example-instead/

Vill du veta mer om referenser finns det en bra beskrivning på Overleaf:
https://www.overleaf.com/learn/latex/Bibliography_management_with_bibtex